2000年，美国政府继续在台湾问题上违反承诺，干涉中国内政。美方与台湾当局进行变相官方往来和接触。美国总统克林顿和美国国会对陈水扁上台表示“祝贺”。美方允许陈水扁、吕秀莲在美“过境”，派内阁成员赴台湾出席所谓“美台工商联合会年会”。美国政府多次派军事代表团访台，同台湾当局举行所谓军售年会，并先后于3月和6月宣布售台“鹰式”防空导弹和雷达设备以及用于增强台F－16战斗机电子对抗和低空导航能力的装备。 9月，美方再次宣布计划售台AIM－120先进中程空对空导弹、“鱼叉”式反舰导弹和先进通讯系统等价值13亿美元的四项军售，使全年美售台武器总额高达18.67亿美元。2月初，美国国会众议院通过了《加强台湾安全法》法案。10月初，美国国会通过“支持台湾加入联合国等国际组织”议案。中国政府针对美方在台湾问题上的错误行径进行了坚决斗争，要求美方恪守一个中国政策、中美三个联合公报和美方的有关承诺，妥善处理台湾问题，不与台湾当局进行任何形式的官方往来，停止售台武器，明确承诺不向台湾提供战区导弹防御系统及其相关技术、设备和配套系统，明确反对《加强台湾安全法》，不支持台湾加入必须是主权国家才能参加的国际组织。美国总统克林顿和美国政府多次重申坚持一个中国政策，遵守中美三个联合公报和“三不”承诺，反对美国国会通过《加强台湾安全法》。
中美在人权领域的斗争仍然激烈。2月25日，美国国务院发表了1999年度关于各国人权状况的所谓“人权报告”。“报告”涉华部分虽称中国在人权领域有一些进展，但继续对中国的人权状况进行恶毒歪曲和攻击，并对中国的宗教政策和依法处理“法轮功”问题说三道四。2月27日，中国外交部发言人对美方的这一行径表示强烈不满和坚决反对，要求美方遵守国际关系基本准则，停止借口所谓人权问题干涉别国内政。4月18日，在联合国人权委员会第56届会议上，美国提出旨在干涉中国内政的所谓“中国人权状况”决议案，中国提出对该提案不采取行动的动议。会议以22票赞成，18票反对，12 票弃权通过了中国的动议。这是中国自1990年以来第九次挫败西方反华提案。
2000年5月1日， 美国国际宗教自由委员会发表年度报告，该报告涉华部分对我宗教政策进行恶毒攻击。5月3日，外交部发言人发表谈话，对此表示极大愤慨和坚决反对，要求美国政府从中美关系大局出发，停止利用宗教等问题干涉中国内政，反对上述报告，采取切实措施消除其恶劣影响，以免给中美关系制造新的麻烦和障碍。9月5日，美国国务院发表“2000年度国际宗教自由报告”，其中涉华部分粗暴干涉中国内政，无视中国政府依法保护公民宗教信仰自由和正常宗教活动的事实，以捏造、歪曲事实的方式，对中国的宗教政策和宗教自由进行无端攻击。9月6日，中国外交部发言人对此表示强烈不满和坚决反对，要求美方立即停止和纠正这种极其错误的行为。
2000年，中美双边贸易、投资以及经济技术合作保持良好发展势头。据中国海关总署统计，2000年，中国同美国双边贸易总额为744.7亿美元，比上年同期增长21.1％；其中中方出口额521亿美元，比上年出口增长24.2％，中方进口额223.6 亿美元，比上年增长14.5％；中方顺差297.4亿美元。美国是中国第二大贸易伙伴，中国是美国第四大贸易伙伴。
4月7日，中美商贸联委会第十三次会议在北京举行。外经贸部部长石广生与美国商务部长戴利共同主持了会议。会议就美对华永久正常贸易关系、中国加入世贸组织以及贸易投资、行业合作及商业法律等双方关心的问题广泛交换了意见。会后发表了联合声明。江泽民主席、朱基总理分别会见了戴利一行。10月27日，中美经济联委会第十三次会议在美国华盛顿举行，财政部长项怀诚和美国财政部长萨默斯主持了会议。双方就宏观经济与金融、国际法律实施、经济结构改革和区域经济发展等问题进行了讨论和磋商。
2000年5月24日，美国会众议院以237票赞成、197票反对表决通过了对华永久正常贸易关系议案。9月19日，美国会参议院以83票赞成、15票反对、2票弃权通过该案。10月10日，该案经克林顿总统签署成法。这对于推动中美经贸合作和两国关系的持续、健康、稳定发展具有重要意义。对于美方议案中干涉我内政、损害我利益的内容，中方向美方提出严正交涉并表明坚决反对的立场。7月18日，美国会众议院以218票反对、147票赞成击败众议员罗尔巴克尔提出的“取消对华正常贸易关系”议案，美对华正常贸易关系延长自考。
2000年1月11日至12日，中美第三次环境与发展讨论会在美国夏威夷举行。科技部部长朱丽兰与美国总统科技顾问兼白宫科技政策办公室主任莱恩主持了会议。双方就能源政策、环境政策、可持续发展、科学和商业合作四个领域进行了讨论。1月14日，朱丽兰部长和莱恩共同主持了中美科技联委会第九次会议。双方就基础科学合作、环境保护、卫生与健康、科技减灾、农业和工业领域里的科技合作等问题进行了讨论与交流。
2000年，中美两军关系得到逐步恢复和改善。1月24日至26日，熊光楷副总参谋长赴美进行中美第三次副国防部长级防务磋商。中国人民解放军总政治部主任于永波（10月25日至11月2日）、海军司令员石云生（4月14日至22日）、军事科**院长王祖训（8月21日至29日）等分别访问美国。美国国防部长科恩（7月11日至15日）、参谋长联席会议主席谢尔顿（11月2日至5日）、海军部长丹齐克（10月11日至13 日）、太平洋总部司令布莱尔（2月27日至3月2日）分别访华。11月28日至12月2日，美国国防部副部长斯洛科姆来华进行了中美两国国防部第四次防务磋商。此外，美国海军太平洋舰队司令法戈上将率“钱斯洛斯卫尔”号导弹巡洋舰于7月31日至8月5日访问中国青岛，中国北海舰队参谋长吕芳秋少将率海军“青岛号”导弹驱逐舰、补给舰“太仓号”于8月20日至10月12日回访美国檀香山、西雅图等港口，两国军舰实现了成功互访。5月30日至6月3日，中美海上军事安全磋商机制2000年度会晤在美国夏威夷和圣迭哥举行。
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